W związku z faktem, że woda opadowa na drodze do zbiornika w którym jest zbierana, może podlegać zabrudzeniu (liście, odchody ptasie, pyłki roślin, cząstki smogu), zwykle zaleca się jej przygotowanie do określonych zastosowań. Niezbędne działania związane z przygotowaniem wody uzależnione są od przeznaczenia wody deszczowej.
Jeżeli woda deszczowa ma być wykorzystywana tylko do nawadniania ogrodu, to nie są niezbędne wielkie inwestycje związane z przygotowaniem wody (wystarczy założenie filtra siatkowego na dachu w miejscu spływu wody do rynny pionowej).
Gdy woda deszczowa ma być wykorzystywana do bardziej wymagających celów (pranie, spłukiwanie muszli, kąpiel), to wtedy należy zastosować bardziej zaawansowane sposoby przygotowania wody – filtry drobnosiatkowe, filtry aktywne, stacje przygotowania wody, ozonowanie wody.
Proces ozonowania wody polega na rozpuszczaniu w niej ozonu gazowego, który zostaje wytworzony przez specjalne urządzenie – ozonator. Ozon doskonale rozpuszcza się w wodzie, w wyniku przepuszczania bąbelków gazu przez wodę. Ozonowana woda pitna wykazuje zdecydowanie mniejszą ilość bakterii, odbarwień, oraz przekształca rozpuszczone związki chemiczne w związki nierozpuszczalne, które wydalą się z kałem, i nie mają negatywnego wpływu na naszą krew.
Jednym z bardziej zaawansowanych sposobów przygotowania wody opadowej jest jej naświetlanie lampami UV – dzięki czemu jest możliwa redukcja ilości bakterii występujących w wodzie. Naświetlanie wody lampami UV stosuje się przy dezynfekcji końcowej w wodociągach, przy czym długości fali UV od 200 do 280 µm, ma największe właściwości bakteriobójcze (najskuteczniejsza długość fali elektromagnetycznej przy dezynfekcji to 253 µm).
W celu zniszczenia różnych bakterii, drożdży, pierwotniaków, glonów czy grzybów stosowane są różne dawki promieniowania UV i wynoszą od 10 do nawet 6000 J/m2.
